数量遗传课题组

——中国农业科学院作物科学研究所

2019-10-14
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GAPL 1.2版近日更新
点击数: 60  |  发表时间: 2019-07-25

 

GAPL是一个界面友好、能够在四交和八交衍生纯系群体中构建高密度连锁图谱、开展数量性状基因 (QTL) 定位的集成软件。软件1.2版于20189月发布,并于20197月更新。

 

1.2版具有以下四大功能:1、基因型芯片检测数据转换的SNP功能(将遗传群体中个体或家系的AATTCCGGATACAGTCTGGT数据转换为软件需要的格式,用户需要提供亲本基因型才能利用此功能);2、删除冗余标记的BIN功能;3、四交、八交纯系群体构建连锁图谱的PLM功能;4、四交、八交纯系群体QTL作图的PLQQ功能。

 

此次更新内容包括:

1PLM功能中,成对重组率矩阵保存在一个临时文件中,以提高大量标记的处理能力,面前能处理的标记数量可以达到数万个;更多标记的群体,建议先使用BIN功能去除冗余。

2PLM功能中,对排序算法进行了优化。

3、同时提供32位和64位两种版本。

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