数量遗传课题组

——中国农业科学院作物科学研究所

2019-8-20
站内搜索       
GACD 1.2版近日发布
点击数: 32  |  发表时间: 2019-07-25

GACD是无性系F1和双交群体的遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位集成软件,软件采用最新的编程技术,把不同功能包装在一个工程中,用户可以随时查看已经完成的各项操作,浏览已完成操作产生的各种结果,软件界面更加友好、功能更加强大。软件1.1版于20197月发布。

 

1.2版具有以下四大功能:1、基因型芯片检测数据转换的SNP功能(将遗传群体中个体或家系的AATTCCGGATACAGTCTGGT数据转换为软件需要的格式,用户需要提供亲本基因型才能利用此功能);2、删除冗余标记的BIN功能;3、克隆F1和双交群体构建连锁图谱的CDM功能;4、克隆F1和双交群体QTL作图的CDQ功能。

 

1.1版的不同之处:

1、增加了基因型芯片检测SNP数据的转换功能,称为SNP功能,作为软件的第1个功能。该功能将遗传群体中个体或家系的AATTCCGGATACAGTCTGGT数据转换为软件需要的格式,用户需要提供无性系F1群体的两个杂合亲本或四交F1群体的四个纯合亲本的基因型数据才能利用此功能。

2CDM功能中,成对重组率矩阵保存在一个临时文件中,以提高大量标记的处理能力,面前能处理的标记数量可以达到数万个;更多标记的群体,建议先使用BIN功能去除冗余。

3CDM功能中,对排序算法进行了优化。

4、同时提供32位和64位两种版本。

推荐

课题介绍 | 成员介绍 | 联系我们 |

© 2012-2019 Quantitative Genetics Group--ICS-CAAS All Rights Reserved.