数量遗传课题组

——中国农业科学院作物科学研究所

2019-8-20
站内搜索       
QTL IciMapping 4.2版近日发布
点击数: 138  |  发表时间: 2019-07-25

QTL IciMapping是遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位集成软件,软件采用最新的编程技术,把不同功能包装在一个工程中,用户可以随时查看已经完成的各项操作,浏览已完成操作产生的各种结果,软件界面更加友好、功能更加强大。软件4.2版于20197月发布。

 

4.2版具有以下十大功能:1、多环境表型数据方差分析的AOV功能;2、基因型芯片检测数据转换的SNP功能(将遗传群体中个体或家系的AATTCCGGATACAGTCTGGT数据转换为软件需要的格式,用户需要提供亲本基因型才能利用此功能);3、删除冗余标记的BIN功能;4、构建连锁图谱的MAP功能;5、整合连锁图谱的CMP功能;6、奇异分离位点定位的SDL功能;7、双亲衍生群体QTL作图的BIP功能;8、多环境表型鉴定数据QTL分析的MET功能;9、染色体片段置换系QTL作图的CSL功能;10、巢式关联分析群体QTL作图的NAM功能。另外还提供两个附加工具:1、绘制已构建遗传连锁图谱的MapShow工具;2、两点重组率估计的2pointREC工具。

 

4.1版的不同之处:

1AOV功能中,增加了基因型和环境的稳定性分析,优化了非平衡表型数据(或部分表型缺失数据)的分析方法。

2、增加了基因型芯片检测SNP数据的转换功能,称为SNP功能,作为软件的第2个功能。该功能将遗传群体中个体或家系的AATTCCGGATACAGTCTGGT数据转换为软件需要的格式,用户需要提供两个纯合亲本的基因型数据才能利用此功能。

3MAP功能中,成对重组率矩阵保存在一个临时文件中,以提高大量标记的处理能力,面前能处理的标记数量可以达到数万个;更多标记的群体,建议先使用BIN功能去除冗余。

4MAPCMP功能中,对排序算法进行了优化。

5、同时提供32位和64位两种版本。

推荐

课题介绍 | 成员介绍 | 联系我们 |

© 2012-2019 Quantitative Genetics Group--ICS-CAAS All Rights Reserved.