数量遗传课题组

——中国农业科学院作物科学研究所

2017-8-19
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QTL IciMapping 4.1版近日发布
点击数: 858  |  发表时间: 2016-01-28

QTL IciMapping是遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位集成软件,软件采用最新的编程技术,把不同功能包装在一个工程中,用户可以随时查看已经完成的各项操作,浏览已完成操作产生的各种结果,软件界面更加友好、功能更加强大。软件4.1版于20161月发布。

4.1版具有以下九大功能:1、多环境表型数据方差分析的AOV功能;2、删除冗余标记的BIN功能;3、构建连锁图谱的MAP功能;4、整合连锁图谱的CMP功能;5、奇异分离位点定位的SDL功能;6、双亲衍生群体QTL作图的BIP功能;7、多环境表型鉴定数据QTL分析的MET功能;8、染色体片段置换系QTL作图的CSL功能;9、巢式关联分析群体QTL作图的NAM功能。另外还提供两个附加工具:1、绘制已构建遗传连锁图谱的MapShow工具;2、两点重组率估计的2pointREC工具。

 

4.0版的不同之处

1、把原来的ANOVA工具变为软件的第一个功能,即AOV功能,并增加了性状相关、环境相关、双标图等分析方法;

2、增加了表型缺少数据的表示方法,即用户可以用“NA”、“na”、“*”、“.”表示缺失性状值,原来的-100表示方法仍然有效;

3BIN功能中,增加了根据奇异分离严重程度来删除标记的选项;

4MAP功能中,增加了按照指定分群数目的算法,并对参数界面做了调整;

5、简单区间和完备区间两种QTL定位方法的输出结果中,增加了QTL位置上左右下降一个LOD值的置信区间;

6、所有QTL定位方法的输出结果中,根据定位到QTL的信息,对单个QTL的贡献率(即PVE)进行矫正,矫正后的PVE具有可加性;

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