数量遗传课题组

——中国农业科学院作物科学研究所

2017-11-20
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GACD 1.1版近日发布
点击数: 426  |  发表时间: 2016-01-28

GACD是克隆F1和双交群体的遗传连锁图谱构建和数量性状基因定位集成软件,软件采用最新的编程技术,把不同功能包装在一个工程中,用户可以随时查看已经完成的各项操作,浏览已完成操作产生的各种结果,软件界面更加友好、功能更加强大。软件1.1版于20161月发布。

1.1版具有以下三个功能:1、删除冗余标记的BIN功能;2、克隆F1和双交群体构建连锁图谱的CDM功能;f、克隆F1和双交群体QTL作图的CDQ功能。

 

1.0版的不同之处

1、增加了表型缺少数据的表示方法,即用户可以用“NA”、“na”、“*”、“.”表示缺失性状值,原来的-100表示方法仍然有效;

2BIN功能中,增加了根据奇异分离严重程度来删除标记的选项;

3CDM功能中,增加了按照指定分群数目的算法,并对参数界面做了调整;

4CDQ功能中,简单区间和完备区间两种QTL定位方法的输出结果中,增加了QTL位置上左右下降一个LOD值的置信区间;

5CDQ功能中,所有QTL定位方法的输出结果中,根据定位到QTL的信息,对单个QTL的贡献率(即PVE)进行矫正,矫正后的PVE具有可加性。

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