数量遗传课题组

——中国农业科学院作物科学研究所

2017-4-30
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第十八届 “基因定位与育种设计”研讨会专题
点击数: 303  |  发表时间: 2015-09-08

应我所广大科研人员和研究生的要求,数量遗传课题组将在作科所内部举办一期“基因定位与育种设计”培训。内容包括遗传群体及其构建、表型数据分析和遗传力估计、群体和数量遗传基础、标记间重组率估计和连锁图谱构建、不同群体连锁图谱的整合、基因定位原理和方法、关联分析原理和方法、无性系和多亲群体的遗传分析方法、全基因组选择方法等,详细日程和回执附后。

参加人员为作科所遗传育种领域的科研人员和研究生,具备遗传学、育种学、生物统计和计算机等方面的基本知识;自带安装有Windows操作系统的笔记本电脑,鼓励携带自己的遗传群体或育种数据参会;提供简单的工作午餐,不收取培训费。本次培训班由2015年农科院科技创新工程-作物生物信息学及应用团队经费赞助。

时间:2015824 - 28

地点:中国农业科学院作物科学研究所育种楼718会议室

规模:50人左右(报名截止时间为2015810日;场地所限,超过50人时,按报名先后顺序参加)

联系人:钱亚红(qianyahong@caas.cn; 86 10 82106038; 18001126271

详细日程
作息时间:上午9:00~12:30上课、12:30~13:30午餐、下午13:30~17:00上课
8月24日上午:以群体和数量遗传学为主,内容包括群体结构估计,影响群体结构的因素,表型数据方差分析和广义遗传力估计,遗传效应和遗传方差的分解,亲属间的遗传相关和遗传交配设计,狭义遗传力估计,遗传进度估计,相关遗传进度,选择指数等;利用Excel进行简单的统计和遗传分析等内容。
8月24日下午:以两点连锁分析和QTL IciMapping软件为主,内容包括遗传学基本规律,不同类型双亲群体的遗传结构,两个连锁座位之间的重组率估计;连锁图谱构建和QTL做图集成软件QTL IciMapping功能介绍;利用QTL IciMapping软件绘制连锁图谱(MapShow)、估计两个座位间的重组率(2pointREC)、开展多环境表型鉴定数据方差分析(ANOVA)、利用表型数据估计性状的广义遗传力(ANOVA)。
8月25日上午:以三点连锁分析和图谱构建为主,内容包括三个座位间的遗传干涉和遗传图距,标记分群和排序,遗传图谱与物理图谱的关系,利用QTL IciMapping软件去除冗余标记(BIN)、构建连锁图谱(MAP)、整合多条连锁图谱等内容(CMP)。
8月25日下午:以加显性QTL作图为主,内容包括QTL作图的基本原理,单标记QTL作图方法,简单区间作图方法,利用QTL IciMapping软件开展单标记QTL作图(BIP)、简单区间作图(BIP)。
8月26日上午:以加显性QTL作图为主,内容包括背景遗传变异控制的重要性,完备区间作图原理和方法,QTL作图中的两类错误,不同QTL作图方法的比较,利用QTL IciMapping软件开展完备区间作图(BIP)、模拟遗传群体(BIP)、比较不同方法的QTL检测功效(BIP)等内容。
8月26日下午:以互作QTL作图和染色体片段置换系群体为主,内容包括上位型互作QTL作图,QTL与环境的互作分析,选择基因型分析,混合分离分析,染色体片段置换系群体的QTL作图,巢式关联群体的QTL作图,利用QTL IciMapping软件开展互作QTL作图(BIP)、QTL与环境互作分析(MET)、染色体片段置换系群体QTL作图(CSL)、巢式关联群体QTL作图(NAM)。
8月27日上午:以关联分析方法为主,内容包括连锁不平衡的定义和计算,群体结构对连锁不平衡的影响,随机交配对连锁不平衡的影响,常见关联分析方法;QTL作图常见问题解析;利用Tassel软件开展关联分析。
8月27日下午:以多亲群体和无性系物种的遗传分析方法为主,内容包括无性系遗传群体的连锁分析、连锁图谱构建和基因定位方法,双交群体的连锁分析、连锁图谱构建和基因定位方法,连锁图谱构建和QTL做图集成软件GACD的功能介绍和使用(BIN、CDM、CDQ)。
8月28日上午:以育种模拟和育种设计为主,内容数量遗传的育种应用,植物育种过程的建模和模拟,不同育种方法的模拟比较,已知基因信息的育种设计,利用QUGENE和QuLine软件模拟育种过程等内容。
8月28日下午:利用自己的群体和数据开展遗传分析;自由讨论和交流,包括对培训班的意见和建议,研究过程中遇到的遗传学和统计学问题等。

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